Sebagai lintasan penyeberangan ferry terpadat di Indonesia dan menghubungkan urat nadi ekonomi dan industri Jawa – Sumatera, PT ASDP Indonesia Ferry selaku BUMN pengelola dan penyedia layanan perlintasan menetapkan tiket penyeberangan berdasarkan ketetapan Kementerian Perhubungan.
Dikarenakan dinamis dan beragamnya jenis angkutan yang ditangani dalam layanan perlintasan, maka PT ASDP menerapkan sub class di kapal ferry, yakni terbagi menjadi tiga bagian, penumpang, kendaraan penumpang dan kendaraan untuk barang. Dalam pembagian untuk penumpang tanpa kendaraan sama seperti biasa yakni dewasa dan anak-anak. Untuk tiket anak dari usia 2-5 tahun dengan biaya Rp7 ribu per anak sedangkan dewasa sampai berusia 75 tahun dikenakan biaya Rp13 ribu per orang.
Sementara untuk kendaraan penumpang, pembagian kendaraan dibagi menjadi sembilan golongan dengan golongan IV, V dan VI untuk penumpang. Tak hanya itu, golongan IV, V dan VI juga ada untuk barang sama halnya dengan golongan VII, VIII dan IX. Golongan I untuk sepeda dan dikenakan tarif Rp20 ribu.
Untuk golongan II dan III di khususkan untuk motor roda dua dan roda tiga, tarif yang diberikan untuk golongan II dan III pun berbeda jauh. Untuk kendaraan roda dua biasa atau golongan II akan dikenakan tarif Rp45 ribu dan golongan III untuk kendaraan roda tiga serta motor-motor dengan body yang besar dikenakan tarif Rp100 ribu.
Pada golongan IV A, mobil penumpang biasa dan dikenakan tarif permobilnya Rp320 ribu, golongan V A mobil penumpang ukuran ELF atau minibus seperti metro satu mobil ini dikenakan tarif Rp700 ribu. Untuk golongan VI A, bus besar dengan kapasistas penumpang isi paling banyak 60 orang atau bus AKAP dikenakan tarif perbus Rp 1.190.000. Semua kendaraan golongan penumpang ini, sudah dikenakan biaya perkendaraan termasuk penumpang yang ada di dalamnya. Sehingga penumpang tidak perlu repot untuk membayar biaya penyebrangan.
Beda lagi untuk kendaraan barang, disini pembagian dibedakan berdasarkan jenis kendaraannya. Makin panjang dan besar kendaraan tersebut, tarif yang dikenakan akan semakin mahal. Untuk kendaraan bak terbuka seperti pick-up atau sejenisnya, akan masuk golongan IV B dengan tarif yang akan dibebankan Rp285 ribu. Jenis engkle dan truk kecil biasanya berukuran 5 meter masuk dalam golongan V B dan tarif yang dibebankan pada truk ini Rp700 ribu.
Makin panjang ukuran truk atau kendaraan barang makin mahal berdasarkan golongannya. Untuk golongan VI B, ukuran kendaraan barang sekitar 7-10 meter dengan 6 ban yang menopang kendaraan tersebut dan dikenakan tarif Rp860 ribu. Golongan VII, VIII dan IX merupakan golongan truk dengan panjang 10-12 meter untuk golongan VII, 12-16 meter golongan VIII dan 16 meter lebih untuk golongan IX. Golongan VII tariff yang dikenakan Rp1.315.000, golongan VIII Rp1.970.000 dan IX Rp3.230.000.
Dalam pencanangannya kedepan, penumpang yang berada di kendaraan yang akan menyeberang dari Merak-Bakauheni atau sebaliknya akan dikenakan biaya tersendiri diluar biaya angkutan yang digunakan untuk menyebrang. Namun, hal ini belum jelas akan dilaksanakan kapan oleh Kementerian Perhubungan. Dalam menjalankan pelayanan tiket penyeberangan di Pelabuhan Merak – Bakauheni, PT ASDP telah menggunakan sistem E-Ticketing bersama mitra kerja PT Mata Pensil Globalindo.