Selain Stasiun Purwokerto, Daerah Operasi (Daop) V Purwokerto ternyata memiliki jalur yang cukup sibuk melayani perjalanan kereta api. Ya, Stasiun Kroya berada dilokasi jalur percabangan kereta api dari arah utara maupun selatan Pulau Jawa. Jalur kereta api yang dominan ini kebanyakan angkutan penumpang dari kelas eksekutif, bisnis, ekonomi premium, dan ekonomi. Bahkan dengan ditambah sibuknya jalur ini, kereta api barang juga melintas di Stasiun Kroya, yaitu angkutan semen dan Bahan Bakar Minyak (BBM).
Stasiun Kroya memiliki sembilan jalur kereta api. Awalnya jalur 2 merupakan sepur lurus arah Bandung atau Cilacap maupun arah Kutoarjo, di jalur 3 merupakan sepur lurus dari dan ke arah Purwokerto, sedangkan jalur 1, 4, dan 5 digunakan sebagai jalur untuk persilangan dan penyusulan kereta api. Sementara jalur 6 dan 7 dipergunakan sebagai jalur untuk parkir KA barang dan KA ketel, serta jalur 8 dan 9 sebagai jalur yang menghubungkan ke Depo Lokomotif, bengkel KA, dan UPT Depo Mekanik.

Saat ini lintas jalur di stasiun Kroya menuju Cirebon dan Kutoarjo sudah berupa jalur ganda. Dengan adanya jalur ganda tersebut, rute Jakarta-Kroya melalui Purwokerto-Cirebon maupun sebaliknya bisa ditempuh dalam waktu 5,56 jam saja. Jalur ganda tersebut secara bertahap akan disambungkan hingga ke Surabaya via Kertosono-Mojokerto.
Ciri Khas Alunan Musik Stasiun Kroya
Setiap naik kereta api tentu kita mengenal bel kedatangan kereta api di stasiun yang sangat dominan. Namun bel kereta api di Stasiun Kroya memiliki ciri khas yang dimiliki wilayah Daop V Purwokerto ini. Dengan memperdengarkan lonceng atau lagu keroncong berjudul Di Tepinya Sungai Serayu karya Soetedja Poerwodibroto. Di mana lagu tersebut diperdengarkan setiap kali ada kereta api yang datang untuk melayani atau menginformasikan penumpang maupun persilangan dan penyusulan antarkereta api.
Selain menjadi jalur kereta api yang memiliki tingkat lalu lintas KA terpadat, stasiun Kroya juga memiliki depo lokomotif dan juga bengkel kereta api yang merupakan bengkel kereta api terbesar di Daop 5 Purwokerto. Fungsinya mirip dengan Balai Yasa, yakni sebagai tempat perbaikan kereta api. Bengkel ini juga dijadikan sebagai tempat untuk sarana kereta penolong milik Daop 5 Purwokerto.
Fyi, sejak jalur ganda tersebut dioperasikan, wujud stasiun ini terus berubah dibanding sebelumnya. Atap overcapping stasiun yang memayungi jalur 13 telah diganti dengan atap yang baru dan memiliki ukuran lebih besar, dan dapat menaungi jalur 16. Peron pada stasiun Kroya juga telah diperpanjang dan ditinggikan, sehingga dapat memuat rangkaian kereta api yang panjang dan memudahkan penumpang naik dan turun di peron stasiun.

Sebagai salah satu stasiun besar, hampir semua perjalanan kereta api penumpang tujuan Jakarta, Bandung, dan Cilacap, Yogyakarta hingga Surabaya maupun sebaliknya berhenti di stasiun ini.
Tapi ada beberapa kereta api yang berjalam langsung (tidak berhenti) di Stasiun Kroya, yaitu KA Argo Lawu, Argo Dwipangga dan Taksaka (jadwal Gapeka 2025). Stasiun ini juga digunakan untuk putar arah lokomotif angkutan barang, kereta angkutan semen Solusi Bangun Indonesia dan KA BBM yang datang dari arah Cilacap atau lintas selatan menuju Cirebon atau lintas utara, begitu pula sebaliknya. Itulah alasan mengapa stasiun ini menjadi jalur pertemuan KA dari Utara dan Selatan yang menjadi salah satu stasiun dengan jalur tersibuk di Jawa Tengah.
Lebih Enak Mana, Naik Kereta Api Jalur Selatan atau Jalur Utara?