Sebelum lokomotif pertama melintasi Tanah Genting Panama dari Colón (Atlantik) ke Balboa (Pasifik, dekat Panama City) ternyata ada sekitar lima ribu hingga sepuluh ribu pekerja meninggal dalam pembangunan jalur antar benua ini. Jalur ini sendiri dibangun pada abad ke-19 yang juga dikenal dengan nama Pasific Railroad yang kemudian dikenal denga Overland Route.
Baca juga: Jalur Metro Panama 3 Sepanjang 34 km dan Menjadi Proyek Terbesar Sejak Perluasan Terusan Panama
Menghabiskan dana sebanyak US$8 juta, jalur ini mulai dibangun pada 1849 dan mulai melintaskan lokomotif pertamanya pada 28 Januari 1855 silam. Setelah jalur ini mulai beroperasi, kereta api melewati Terusan Panama selama setengah abad sampai kanal kapal dibangun sejajar dengan rel kereta api.
Jalur ini dibangun oleh Amerika Serikat dan insentif utamanya adalah peningkatan besar dalam lalu lintas penumpang dan barang dari Negeri Paman Sam bagian timur ke California setelah Demam Emas California 1849. Jalur ini kemudian digambarkan oleh beberapa orang sebagai mewakili rel kereta api lintas benua meski melintasi hanya tanah genting sempit yang menghubungkan antar benua.
KabarPenumpang.com merangkum dari berbagai laman sumber, jalur kereta ini membentang sejauh 76 km dengan mengangkut volume kargo terberat per satuan panjang rel kereta api mana pun di dunia. Bahkan keberadaan rel jalur kereta api ini menjadi salah satu kunci terpilihnya Panama sebagai situs kanal.
Karena rute 1855 mengikuti lembah Chagres (yang akan menjadi Danau Gatun), rute itu harus diubah. Rel kereta api baru, yang dimulai pada tahun 1904, harus ditingkatkan secara signifikan dengan rel ganda tugas berat di sebagian besar jalur untuk mengakomodasi semua lokomotif baru dari sekitar 115 lokomotif yang kuat, 2.300 gerbong yang merusak tanah, dan 102 yang dipasang di rel kereta api sekop uapdibawa dari Amerika Serikat dan tempat lain.
Rel kereta api permanen yang baru sejajar dengan kanal di mana ia bisa dan dipindahkan dan dibangun kembali di tempat yang mengganggu pekerjaan kanal. Selain memindahkan dan memperluas jalur kereta api jika diperlukan, penambahan jalur yang cukup besar dan bengkel mesin yang ekstensif serta fasilitas pemeliharaan telah ditambahkan, dan peningkatan lainnya dilakukan pada sistem kereta api.
Kehadiran kereta api sangat membantu pembangunan Terusan Panama. Selain mengangkut jutaan ton orang, peralatan, dan persediaan, rel kereta api melakukan lebih banyak lagi. Untuk diketahui teknologi baru yang tidak tersedia pada tahun 1850-an memungkinkan pemotongan dan pengisian tanah yang sangat besar untuk digunakan pada rel kereta api baru yang jauh lebih besar daripada yang dilakukan pada konstruksi asli tahun 1851–55.
Kereta Api Panama yang dibangun kembali, jauh lebih baik dan sering diubah rute dilanjutkan di sepanjang kanal baru dan melintasi Danau Gatun. Rel kereta api diselesaikan dalam konfigurasi terakhirnya pada tahun 1912, dua tahun sebelum kanal, dengan biaya $9 juta atau $1 juta lebih banyak dari aslinya.
Setelah Perang Dunia II, beberapa perbaikan tambahan dilakukan pada Kereta Api Panama. Kondisinya menurun setelah 1979, ketika pemerintah AS menyerahkan kendali kepada pemerintah Panama.
